Además, desde el banquillo salieron en la segunda parte Corona, Mario Bermejo y Laurent de Palmas. Cabe mencionar la alineación que logró este importante logro para la entidad en aquel momento tras la victoria por 1-2 frente al Pontevedra C.F.: Barbero, Armindo, Olivares, Manu, Cervián, José Ortiz, Óscar Ventaja, Ramos, Esteban, Francisco Rodríguez y Raúl Sánchez, en la segunda parte entraron desde el banquillo Larrosa, Pía y Juanlu. El equipo que logró este triunfo y por tanto el ascenso en esta marcada fecha para la afición almeriensista estuvo formado por los siguientes jugadores: Westerveld, Bruno Saltor, Carlos García, Acasiete, Domingo Cisma, Soriano, Cabrera, José Ortiz, Mané, Kalu Uche y Míchel. Es curioso pero José María García al cual se le señala como un madridista de toda la vida, siempre ha tenido y mantenido contenciosos con los presidentes del Real Madrid, salvo con Luis de Carlos. Dicho logro se consiguió bajo las órdenes del entrenador valenciano José Luis Oltra. Dicho encuentro acabó con el resultado de empate a un gol, marcaron Gregorio para la A.D. En la temporada 2004-05, cabe mencionar un hecho simbólico dentro del seno almeriensista con el mítico jugador rojiblanco Cervián como protagonista de una curiosa anécdota sucedida durante el encuentro de Segunda División que enfrentó a la U.D.
Estadio de los Juegos Mediterráneos, desatando la euforia en los más de 15.000 espectadores que llenaban el estadio, provocando una espectacular invasión de campo y por supuesto, la celebración durante la noche de toda la ciudad de Almería. Este hecho lleva al equipo rojiblanco a no lograr la victoria durante las primeras 10 jornadas de liga, sin embargo, Francisco Rodríguez es capaz de enderezar la situación y finalmente logra la permanencia más épica de la historia del club, siendo calificada por algunos medios de comunicación como «salvación milagrosa». La siguiente temporada, la 2001-02 trajo consigo la alegría de un nuevo ascenso a la Segunda División de España, nuevamente con una plantilla llena de jugadores almerienses y de almeriensistas que a la postre pasarían a la historia de este club, ya que este ascenso supuso los cimientos de los años venideros. Este hito se hizo oficial el día 19 de mayo del año 2007 de forma matemática y a falta de cuatro jornadas para el final de la competición tras vencer por 3-1 a la S.D. La primera temporada de esta nueva etapa en la Segunda División de España se consigue salvar con la permanencia pasando apuros hasta el final. La tercera temporada consecutiva en la Segunda División de España supone la consolidación en la categoría, aunque no de manera muy holgada, pero que posibilita que la campaña siguiente se produzca un salto de nivel y que el equipo ocupe los puestos altos de la clasificación con posibilidades de ascenso hasta casi el final de la liga.
Sin embargo, Oltra fue destituido el 5 de abril de 2011, tras perder frente al Athletic por 1-3 en la jornada 30. El club, considerando que aún tenía posibilidades de permanencia, fichó como entrenador a Roberto Olabe, quien tiempo atrás fue director deportivo de la entidad rojiblanca. Pero el 7 de mayo de 2011, el equipo desciende matemáticamente a Segunda División tras perder 2-0 frente al Getafe en el Coliseum Alfonso Pérez a falta de 3 jornadas para el final de la Liga. Sin embargo, el juego del equipo y los resultados no siguieron siendo buenos, por lo que el 21 de diciembre de 2008, habiendo solo conseguido 6 puntos de 30 posibles, el por aquel entonces presidente de la U.D. Sin embargo, el Betis va a viajar a distintos puntos para poder trabajar lejos de las altas temperaturas que hay en verano en Sevilla. Sin embargo, la euforia de los aficionados indálicos pronto se convierte en preocupación al saltar la noticia de que el expresidente Alfonso García decide no renovar al entrenador Javi Gracia tras conseguir el ascenso con el club rojiblanco. Sin embargo, el equipo entraría en una fase irregular y, tras caer hasta el quinto puesto al encadenar 6 jornadas sin ganar, el técnico granadino fue destituido la noche del 3 de abril de 2012 tras ver peligrar el consejo del club el objetivo del ascenso a Primera División.
Ante la atónita mirada de los espectadores de aquel encuentro, Cervián, ejerciendo como guardameta, no solo fue capaz de detener de forma heroica el penalti provocado por Valerio, si no que logró realizar otras dos intervenciones de mérito, siendo una de ellas especialmente destacable, ya que fue capaz de realizar una espectacular parada en un mano a mano contra Albert Crusat, jugador que ficharía por el club indálico en la siguiente temporada y que acabaría convirtiéndose en otra leyenda del conjunto almeriensista. Ese mismo año solo fue superado por la Juventus como mejor novato. La segunda temporada con el técnico almeriense Francisco Rodríguez al mando del conjunto almeriensista comienza sin apenas cambios respecto al agónico año anterior. Como suele ser habitual, en el verano de la temporada 2014/15, grandes jugadores de la plantilla aceptaron ofertas de clubes europeos, tales Ivan Rakitić, Federico Fazio o Alberto Moreno, y fueron sustituidos por jugadores como Krychowiak, Éver Banega o Aleix Vidal. A pesar de la llegada de algunos refuerzos de futbolistas jóvenes y prometedores, como por ejemplo Suso Fernández, (cedido por el Liverpool FC), el equipo parte con una base muy débil, ya que más de la mitad del equipo titular es la base del año anterior en segunda división.
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